Il Dipartimento è guidato dal Direttore, che rappresenta la struttura a ogni effetto di legge e ne garantisce autonomia e unità culturale.
Al fine del perseguimento dei propri compiti istituzionali il Dipartimento è dotato di autonomia organizzativa ed amministrativa per quanto riguarda tutti i provvedimenti di spesa, contrattuali e convenzionali che lo riguardano direttamente, con soggetti sia pubblici che privati, nel rispetto della disciplina legislativa vigente, esclusa comunque la possibilità di provvedimenti amministrativi di carattere generale o relativi a questioni riservate ad altri organi a tal fine identificati dallo Statuto della Sapienza.
Gli organi del Dipartimento sono: Consiglio di Dipartimento, Direttore, Giunta.

Il Direttore di Dipartimento è coadiuvato, nella gestione delle attività del Dipartimento, dal Responsabile amministrativo delegato, che è responsabile della Segreteria amministrativa e coordina le attività amministrativo-contabili.